Станом на 01.01.2013 року територія заповідника складала 2027 га.
Згідно матеріалів впорядкування території заповідника площа її розділена наступним чином:

Площа земель лісового фонду постійного користування — 2027 га

1.Лісові землі, всього — 1898 га
у тому числі:
* вкриті лісовою рослинністю, всього — 1733 га
у тому числі лісові культури — 643 га
* не вкриті лісовою рослинністю — 137 га
у тому числі:
рідколісся — 39 га
галявини — 98 га
* лісові шляхи, просіки, протипожежні розриви — 28 га

2.Нелісові землі, всього — 192 га
у тому числі:
рілля — 2 га
багаторічні насадження (сади) — 3 га
води — 90 га
болота —16 га
садиби, споруди — 5 га
траси — 2 га
піски — 2 га
інші нелісові землі — 9 га

На території заповідника виділено дві природоохоронні дільниці:

1)нагірна природоохоронна дільниця — 1223 га
2)острівна природоохоронна дільниця — 804 га

До складу нагірної природоохоронної дільниці входять 5 (п’ять) обходів: обхід №2 (кв. 3; 6; 10; 19) загальною площею 264 га, обхід №3 (кв. 4) загальною площею 241 га, обхід №4 (кв. 11; 12; 20; 21) загальною площею 243 га, обхід №5 (кв. 5; 7; 8) загальною площею 246 га, обхід №6 (кв. 13; 14; 15; 22) загальною площею 229 га.

Острівна природоохоронна дільниця налічує 4 (чотири) обходи: обхід №1 (острови Зміїні, кв. 1; 2) загальною площею 116 га, обхід №7 (кв. 9; 16; 17; 18) загальною площею 192 га, обхід №8 (острів Круглик та верхня частина острова Шелестів, кв. 23; 24; 25; 26) загальною площею 272 га, обхід №9 (нижня частина острова Шелестів, кв. 27; 28; 29; 30) загальною площею 224 га. Всього на території заповідника виділено 9 (дев’ять) обходів.
Станом на 01.01.2013 року площа території заповідника залишилась сталою (2027 га).